A localidade teve inicialmente o nome de Passo Novo do Ibicuí, localizado no 3º Distrito de São Francisco de Assis.
A localidade foi escolhida por ser o local mais apropriado para a passagem de cavaleiros e carreteiros que realizavam o intercâmbio comercial entre as regiões da Fronteira Oeste e das Missões.
Inicialmente a travessia se realizava com um serviços de barcas que foi disponibilizado aos passantes.
O povoado conservou o nome até a promulgação do decreto-lei nº 7589 de 29 de novembro de 1939, quando foi elevado a categoria de vila, passando a se chamar Vila de Manoel Viana, nome este em homenagem ao coronel Manoel Viana, em agradecimento aos serviços prestados (1908 a 1916).
Em meados de 1945 teve início a construção da ponte General Osório, que foi inaugurada em 1950 durante o governo de Walter Jobim.
Em 20 de março de 1992, o município conseguiu sua emancipação através do decreto-lei nº 9.542, no então governo de Alceu de Deus Collares, denominando-se a cidade como Manoel Viana.