O município foi colonizado por alemães e é marcado por uma forte religiosidade, tanto que São Ludgero recebeu o título de “celeiro” de sacerdotes.
O nome da cidade surgiu em função de dois padres devotos de São Ludgero que trouxeram sua imagem para a região.
Conta-se que São Ludgero foi um guerreiro santo da região de Ultrech, na Alemanha.
Há na cidade, um prédio de 1900 construído como Colégio São Ludgero, mas hoje ele abriga a prefeitura, sendo um marco do município.
Sua base econômica está na cultura de fumo, feijão, milho, frutas e legumes, além da produção agrícola e de gado leiteiro.
Os primeiros colonos vieram em 1870, famílias procedentes da região alemã da Westphalia, que tem como padroeiro São Ludgero, homenageado com a criação do município catarinense localizado no Sul do Estado.
As dificuldades que tiveram no início para a derrubada da mata, afim de ocuparem a área com roças, fizeram com que os pioneiros perdessem contato com sua cultura de origem e hoje o destaque desta herança germânica sobrevive na religiosidade do povo e nas famílias que ainda preservam a língua alemã.
O ano de 1900 marca um passo importante da vida do município.
A fundação do modelar Colégio São Ludgero, idealizado pelo Monsenhor Tombrock, onde estudaram, inclusive, homens públicos ilustres.
A emancipação política do município não foi pacífica. Para que São Ludgero pudesse obter a sua independência política, foi necessário a astúcia de seus políticos e moradores, objetivando a anexação de um pedaço de terra da vizinha Orleans.
De fato, o pedaço de terra que fez surgir o município foi desligado de Braço do Norte, mas com uma área considerada pequena.
Orleans não abria mão de parte de seu território, e aí entrou a esperteza dos alemães.
Eles forçaram a emancipação de outro município ao mesmo tempo que nascia São Ludgero, denominado Colônia, que abrangia a terra cobiçada, uma extensão que vai desde a Barra do Norte até o Rio Cachorrinhos.
Emancipado os dois municípios, em seguida aconteceu a fusão deles num só. A emancipação ocorreu pela Lei nº 829 de 12 de junho de 1962, com sua instalação acontecendo em 15 de julho do mesmo ano.